Fortuna 05 und Jugendkraft 03, 1919 zur Nowawes 03 vereinigt, Concordia 06, später Eintracht 06 und PSU 04 hießen die Vereine, die den Babelsberger bzw. Potsdamer Fußball in der Vorkriegszeit bestimmten. Nach dem Krieg wurde aus den “Überbleibseln” dieser Vereine 1946 die SG Babelsberg gegründet, die sich 1949 in BSG Märkische Volksstimme und ein Jahr später in BSG Rotation Babelsberg umbenannte.
Damit begann die erfolgreichste Fußballzeit in Babelsberg. Die größten Erfolge hatten die Babelsberger in ihrer Anfangszeit. 1949 wurde man Landesmeister von Brandenburg, nachdem man sich im Endspiel gegen die BSG Franz Mehring Marga (4:1, 0:2, 2:1) durchsetzte.
Von 1949 bis 1958 spielten die Babelsberger unter dem Namen „Rotation“ in der DDR-Oberliga und erreichten 1953/54 sogar einen 5. Platz. An 3 Bestmarken, die heute noch Bestand haben, waren die Rotationer zu Oberligazeiten beteiligt. Mit der 2:12-Niederlage gegen Dresden-Friedrichstadt war man am torreichsten DDR- Oberligaspiel beteiligt.
In der Saison 1950/51 erzielte Rotation mit 95 Toren die meisten, die je zu Oberligazeiten in einer Saison erzielt wurden und stellte im gleichen Jahr mit Hans Schöne (38 Tore in 31 Spielen) den erfolgreichsten Torschützenkönig aller DDR-Oberligazeiten.
Erfolgreich waren auch die Nachwuchsmannschaften von Rotation. So holte die Jugendmannschaft 1955 den FDGB-Pokal, die Junioren wurden 1956 DDR-Landesmeister. Durch die „von oben“ initiierte Gründung eines Fußballeistungs-zentrums (SC Potsdam) kam es 1961 zu einer Zwangsverkleinerung der BSG Rotation, da der Großteil der Spieler der 1. Männer-mannschaft zum Leistungszentrum “delegiert” wurde. Der SC Potsdam durfte auch den Platz in der 1. DDR-Liga anstelle von Rotation einnehmen. Die Rotationer nahmen den Platz in der 2. DDR-Liga ein, den bisher ihre 2. Mannschaft inne hatte. Nachdem der SC Potsdam sich nach 5 Jahren wieder auflöste, schloss sich ein Teil der Spieler der geförderten und finanzkräftigen BSG Motor (früher BSG Karl Marx) an, die auch, wieder auf Beschluß “von oben” den Platz in der 1. DDR-Liga übernehmen durfte.
1969 erfolgte dann durch den Trägerbetriebwechsel die Umbennenung von BSG Rotation Babelsberg in BSG DEFA Babelsberg. Nach der erwähnten Zwangsverkleinerung 1961 ging es auch sportlich nicht mehr so erfolgreich zu. Nach ständigen Auf- und Abstiegen zwischen Bezirksliga und Bezirksklasse folgte 1984 sogar der Abstieg in die Kreisklasse. Nach dem erneut “angeordneten” Umzug vom Karl-Liebknecht-Stadion auf das Sportgelände im Neubau- Wohngebiet “Am Stern” im Jahr 1986, ging es sportlich wieder aufwärts.
Bereits in der Saison 1986/87 stieg man wieder in die Bezirksklasse auf. Mit der Wende sagte sich die Fußballabteilung von der BSG DEFA los und spielte nun als reiner Fußballverein sportlich erfolgreich unter dem neuen Namen Fortuna Babelsberg.
1992 gelang der Aufstieg in die Landesliga, zwei Jahre später sogar der, in Brandenburgs höchste Spielklasse, die Verbandsliga. Nachdem man sich mit äußerst geringen finanziellen Mitteln fünf Jahre lang in dieser Klasse halten konnte, stieg die 1. Männermannschaft von Fortuna 1999 wieder in die Landesliga ab, in der sie, ebenso wie im Babelsberger Fußball, bis zum heutigen Tag eine bedeutende Rolle spielt.
Rund 360 Mitglieder zählt der Verein, die sich regelmäßig in den 3 Männer-, 3 Senioren-, einer Volkssport- und 11 Nachwuchsmannschaften sowie einer D- Juniorinnenmannschaft am Spiel- und Trainingsbetrieb beteiligen.